Εκτύπωση αυτής της σελίδας
Κυριάκος Πετράτος

Κυριάκος Πετράτος

Kύριος Ερευνητής
Ηλ. Ταχυδρομείο
Αυτή η διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου προστατεύεται από τους αυτοματισμούς αποστολέων ανεπιθύμητων μηνυμάτων. Χρειάζεται να ενεργοποιήσετε τη JavaScript για να μπορέσετε να τη δείτε.
Τηλέφωνο
+30-2810-394353
Fax
+30-2810-394408
Ιστοσελίδα Εργαστηρίου

Το κύριο ενδιαφέρον του εργαστηρίου μου είναι η κατανόηση της λειτουργίας των πρωτεϊνών με τον προσδιορισμό και την ανάλυση των κρυσταλλικών δομών αυτών των μακρομορίων σε υψηλή ευκρίνεια. Συγκεκριμένα, κύριος στόχος μας είναι η διαλεύκανση του καταλυτικού μηχανισμού επιλεγμένων ενζύμων. Για να επιτευχθεί αυτό προσπαθούμε να συν- κρυσταλλώσουμε το υπό μελέτη ένζυμο σε διαφορετικές καταστάσεις κατά μήκος της καταλυόμενης χημικής αντίδρασης και αναλύσουμε τις δομές των συμπλόκων Michaelis καθώς και άλλων πιθανών ενδιαμέσων. Επιπλέον, με συνδυασμό βιοχημικών μεθόδων όπως κατευθυνόμενη μεταλλαξογένεση και κρυσταλλογραφίας ακτίνων-X, αναλύουμε τον ρόλο επιλεγμένων αμινοξικών καταλοίπων στα καταλυτικά κέντρα των ενζύμων. Μια άλλη πτυχή ενδιαφέροντος μας είναι η ανάπτυξη ορθολογικών μεθόδων για την κρυστάλλωση πρωτεϊνών και συμπλόκων τους με αλληλεπιδρώντα μόρια με τη χρήση μειωτών ιοντικής ισχύος όπως διάφορες πολυαιθυλενογλυκόλες (PEGs). Χρησιμοποιούμε εκτενώς την ακτινοβολία συγχροτρόνιου στα πειράματα μακρομοριακής κρυσταλλογραφίας, ιδιαίτερα την δυνατότητα ρύθμισης της ενέργειας της που επιτρέπει την εφαρμογή μεθόδων ανώμαλης περίθλασης ( MAD / SAD ) για τον προσδιορισμό των φάσεων των ανακλάσεων Bragg. Τέλος, μας ενδιαφέρουν οι βιοτεχνολογικές εφαρμογές των δομικών αναλύσεων όπως ο σχεδιασμός και παραγωγή σταθερότερων και ταχύτερων βιοκαταλυτών σε επιλεγμένες περιοχές pH και θερμοκρασίας.

Gessmann R, Kyvelidou C, Papadovasilaki M, Petratos K. (2011) The crystal structure of cobalt-substituted pseudoazurin from Alcaligenes faecalis. Biopolymers 95:202-207.

Gessmann R, Brückner H, Petratos K. (2003) Three Complete Turns of a 3(10)-Helix at Atomic Resolution: The Crystal Structure of Z-(Aib)11-O t Bu. J. Pept. Sci. 9:753-762.

Papanikolau Y, Prag G, Tavlas G, Vorgias CE, Oppenheim AB, Petratos K. (2001) High Resolution Structural Analyses of Mutant Chitinase A Complexes with Substrates Provide New Insight into the Mechanism of Catalysis. Biochemistry 40:11338-11343.

Winkler FK, Banner DW, Oefner C, Tsernoglou D, Brown RS, Heathman SP, Bryan RK, Martin PD, Petratos K, Wilson KS. (1993) The crystal structure of Eco RV endonuclease and of its complexes with cognate and non-cognate DNA fragments. EMBO J. 12:1781-1795.

Petratos K, Dauter Z, Wilson KS. (1988) Refinement of the Structure of Pseudoazurin fromAlcaligenes faecalis S-6 at 1.55 A Resolution. Acta Crystallogr. B 44:628-636.

Δημοσιεύσεις από το 2000

Georgilis E, Gessmann R, Mitraki A, Petratos K.
"Diphenylalanine in tetrahydrofuran: a highly potent candidate for the development of novel nanomaterials"
Acta Crystallogr C Struct Chem. 73(Pt 6):447-450. [doi: 10.1107/S2053229617006830] (2017)

Gessmann R, Axford D, Brückner H, Berg A, Petratos K.
"A natural, single-residue substitution yields a less active peptaibiotic: the structure of bergofungin A at atomic resolution"
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun. 73(Pt 2):95-100. [doi: 10.1107/S2053230X17001236] (2017)

Papageorgiou AC, Adam PS, Stavros P, Nounesis G, Meijers R, Petratos K, Vorgias CE.
"HU histone-like DNA-binding protein from Thermus thermophilus: structural and evolutionary analyses"
Extremophiles. 20(5):695-709. [doi: 10.1007/s00792-016-0859-1] (2016)

R. Gessmann, H. Brückner, K. Petratos
"The crystal structure of Z-(Aib)10-OH at 0.65 Å resolution: three complete turns of 310-helix"
J. Pept. Sci.  22: 76-81. [doi: 10.1002/psc.2842] (2016)

R. Gessmann, H. Brückner, K. Petratos
"The first N-terminal unprotected (Gly-Aib)n peptide: H-Gly-Aib-Gly-Aib-OtBu"
Acta Crystallogr.  C71: 1114-1117. [doi: 10.1107/S2053229615022597] (2015)

M. Papadovasilaki, D. Oberthür, R. Gessmann, I. Sarrou, C. Betzel, E. Scoulica, K. Petratos
“Biophysical and enzymatic properties of aminoglycoside adenylyltransferase AadA6 from Pseudomonas aeruginosa”
Biochem. Biophys. Rep.  4: 152-157. [doi: 10.1016/j.bbrep.2015.09.011] (2015)

R. Gessmann, H. Brückner, M. Aivaliotis, K. Petratos
“The crystal structure of Z-Gly-Aib-Gly-Aib-OtBu”
J Pept Sci 21(6):476-9 [doi: 10.1002/psc.2764] (2015)

R. Gessmann, M. Papadovasilaki, E. Drougkas, K. Petratos
“Zinc-substituted pseudoazurin solved by S/Zn-SAD phasing”
Acta Crystallogr. F71, 19-23 (2015)

R. Gessmann, H. Bruckner, K. Petratos
"The achiral tetrapeptide Z-Aib-Aib-Aib-Gly-OtBu"
Acta Crystallogr. C70, 1046-1049  [doi:10.1107/S2053229614022165] (2014)

R. Gessmann, H. Bruckner, K. Petratos
"The peptide Z-Aib-Aib-Aib-L-Ala-OtBu"
Acta Crystallogr C Struct Chem. 70(Pt 4), 405-407 (2014)

R. Gessmann, D. Axford, G. Evans, H. Brückner, K. Petratos 
“The crystal structure of samarosporin I at atomic resolution” 
J. Pept. Sci. 18, 678-84 (2012)

R. Gessmann, D. Axford, R. L. Owen, H. Brückner and K. Petratos 
“Four complete turns of a curved 3(10)-helix at atomic resolution: The crystal structure of the peptaibol trichovirin I‑4A in polar environment suggests a transition to aplha-helix for membrane function” 
Acta Crystallogr. D68, 109-116 (2012)

R. Gessmann, C. Kyvelidou, M. Papadovasilaki and K. Petratos
“The crystal structure of cobalt-substituted pseudoazurin from Alcaligenes faecalis” 
Biopolymers, 95, 202-207 (2011)

R. Gessmann, N. Kourtis, K. Petratos and N. Tavernarakis
“Molecular modeling of mechanosensory ion channel structural and functional features” 
PLoS ONE 5(9), e12814 (2010)

V. Prokova, S. Mavridou, P. Papakosta, K. Petratos and D. Kardassis 
"Novel Mutations in Smad Proteins That Inhibit Signaling by the  Transforming Growth Factor ß in Mammalian Cells"
Biochemistry 46, 13775-13786 (2007)

Y. Papanikolau, M. Papadovasilaki, R. B. G. Ravelli, A. A. McCarthy, S. Cusack, A. Economou and K. Petratos 
“Structure of dimeric SecA, the Escherichia coli preprotein translocase motor” 
J. Mol. Biol. 366, 1545-1557 (2007)

E. Touloupakis, R. Gessmann, K. Kavelaki, E. Christofakis, K. Petratos and D. F. Ghanotakis 
“Isolation, characterization, sequencing and crystal structure of charybdin, a type 1 ribosome-inactivating protein from C. maritima agg.”
FEBS J. 273, 2684-2692 (2006)

S. Pyrpassopoulos, M. Vlassi, A. Tsortos, Y. Papanikolau, K. Petratos, C. E. Vorgias and G. Nounesis 
“Equilibrium heat-induced denaturation of chitinase 40 from S. thermoviolaceus” 
Proteins  64, 513-523 (2006)

Y. Papanikolau, I. Tsigos, M. Papadovasilaki, V. Bouriotis and K. Petratos
“Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of an alcohol dehydrogenase from the Antarctic psychrophile Moraxella sp. TAE123”
Acta Crystallogr. F61 , 246-248 (2005)

R. Gessmann, H. Brückner and K. Petratos
“Three Complete Turns of a 3 10 -Helix at Atomic Resolution: The Crystal Structure of Z-(Aib) 11 -OtBu”
J. Pept. Sci. 9, 753-762 (2003)

R. Gessmann, N. Schiemann, H. Brückner and K. Petratos
“The tetrapeptide Z-Leu-Aib-Pro-Val-OBg monohydrate”
Acta Crystallogr. C59, o413-o415 (2003)

Y. Papanikolau, G. Tavlas, C. E. Vorgias and K. Petratos
“ De novo purification scheme and crystallization conditions yield high-resolution structures of chitinase A and its complex with the inhibitor allosamidin”
Acta Crystallogr. D59, 400-403 (2003)

Y. Papanikolau and K. Petratos
“Application of the effects of ionic strength reducing agents in the purification and crystallization of chitinase A”
Acta Crystallogr. D58, 1593-1596 (2002)

Y. Papanikolau, G. Prag, G. Tavlas, C. E. Vorgias, A. B. Oppenheim and K. Petratos
“High Resolution Structural Analyses of Mutant Chitinase A Complexes with Substrates Provide New Insight into the Mechanism of Catalysis”
Biochemistry 40, 11338-11343 (2001)

Y. Papanikolau , R. Gessmann , K. Petratos , K. Igarashi and M. Kokkinidis
“Crystallization of the E. coli polyamine-induced protein: a novel procedure based on the concept of ionic strength reducers”
J. Cryst. Growth 210, 761-766 (2000)

G. Prag, Y. Papanikolau, G. Tavlas, C. E. Vorgias, K. Petratos and A. B. Oppenheim
“Structures of chitobiase mutants complexed with the substrate di-N-acetyl-D-glucosamine: the catalytic role of the conserved acidic pair, aspartate 539 and glutamate 540”
J. Mol. Biol. 300, 611-617 (2000)

 

© Copyright 2018 | FOUNDATION FOR RESEARCH & TECHNOLOGY - HELLAS | All rights reserved.