imbb mobile logo
 
Χαράλαμπος Σπηλιανάκης

Χαράλαμπος Σπηλιανάκης

Ερευνητής IMBB (Επίκουρος Καθηγητής, Πανεπιστήμιο Κρήτης)
Ηλ. Ταχυδρομείο
Αυτή η διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου προστατεύεται από τους αυτοματισμούς αποστολέων ανεπιθύμητων μηνυμάτων. Χρειάζεται να ενεργοποιήσετε τη JavaScript για να μπορέσετε να τη δείτε.
Τηλέφωνο
+30-2810-391163
Fax
+30-2810-391101
Ιστοσελίδα Εργαστηρίου
 

Η ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης μπορεί να επιτελεστεί από ποικίλα ρυθμιστικά στοιχεία που επιδρούν σε εγγύς γονίδια που εδράζονται στο ίδιο χρωμόσωμα. Πρόσφατες μελέτες στο πεδίο της γονιδιακής έκφρασης υποδεικνύουν ότι ρυθμιστικά στοιχεία που εδράζονται σε ένα χρωμόσωμα μπορούν να ρυθμίσουν την έκφραση γονιδίων που εδράζονται σε διαφορετικά χρωμοσώματα δια μέσω της δημιουργίας λειτουργικών αλληλεπιδράσεων. Τέτοιου είδους ρυθμιστικά στοιχεία περιλαμβάνουν ενισχυτές, σιγητές και ρυθμιστικά στοιχεία γενετικών τόπων ( Locus Control Regions ).

Στο εργαστήριό μας πραγματοποιούμε συνδυασμένη εφαρμογή μιας σειράς βιοπληροφορικών, μοριακών, βιοχημικών, γενετικών και απεικονιστικών μεθόδων προκειμένου να απομονώσουμε και να χαρακτηρίσουμε πρωτεϊνικά σύμπλοκα που δημιουργούν ή/και υποστηρίζουν ευρείας κλίμακας χρωμοσωμικές αλληλεπιδράσεις σε κυτταρικούς πληθυσμούς του εγγενούς και επίκτητου ανοσοποιητικού συστήματος. Στόχος μας είναι η παροχή εμπεριστατωμένης πληροφορίας για το πώς οργανώνεται το γονιδίωμα και πως συγκεκριμένα πρότυπα πυρηνικής αρχιτεκτονικής διαμορφούμενα σε διακριτά υποπυρηνικά μικροπεριβάλλοντα μπορούν να ρυθμίσουν τη γονιδιακή έκφραση.

Zelenka T, Spilianakis C. (2021) HiChIP and Hi-C Protocol Optimized for Primary Murine T Cells. Methods Protoc. 4:49.

Salataj E, Stathopoulou C, Hafþórsson RA, Nikolaou C, Spilianakis CG. (2019) Developmental Conservation of microRNA Gene Localization at the Nuclear Periphery. PLoS One. 14:e0223759.  
 
Stathopoulou C, Kapsetaki M, Stratigi K, Spilianakis C. (2017) Long non-coding RNA SeT and miR-155 regulate the Tnfα gene allelic expression profile. PLoS One. 12:e0184788.

Stratigi K, Kapsetaki M, Aivaliotis M, Town T, Flavell RA, Spilianakis CG. (2015) Spatial proximity of homologous alleles and long noncoding RNAs regulate a switch in allelic gene expression. Proc Natl Acad Sci U S A. 112:E1577-86.

All Publications

SATB1 undergoes isoform-specific phase transitions in T cells
Tomas Zelenka, Petros Tzerpos, Giorgos Panagopoulos, Konstantinos Tsolis, Dionysios-Alexandros Papamatheakis, Vassilis M. Papadakis, David Stanek, Charalampos Spilianakis
bioRxiv 2021.08.11.455932; doi: https://doi.org/10.1101/2021.08.11.455932

The 3D enhancer network of the developing T cell genome is controlled by SATB1
Tomas Zelenka, Antonios Klonizakis, Despina Tsoukatou, Sören Franzenburg, Petros Tzerpos, Dionysios-AlexandrosPapamatheakis, Ioannis-Rafail Tzonevrakis, ChristoforosNikolaou, Dariusz Plewczynski, Charalampos Spilianakis
bioRxiv 2021.07.09.451769; doi: https://doi.org/10.1101/2021.07.09.451769

HiChIP and Hi-C Protocol Optimized for Primary Murine T Cells.
Zelenka T, Spilianakis C.
Methods Protoc. 2021; 4(3):49. doi: https://doi.org/10.3390/mps4030049

SATB1-mediated chromatin landscape in T cells.
Zelenka T & Spilianakis C.G.
Nucleus 2020; 11: 117-131; doi: https://doi.org/10.1080/19491034.2020.1775037

Developmental Conservation of microRNA Gene Localization at the Nuclear Periphery.  
Salataj E, Stathopoulou  C, Hafþórsson  RA, Nikolaou  C, Spilianakis  C.G.
PLoS One 2019; 14(11):e0223759. doi:  https://doi.org/10.1371/journal. pone.0223759

The BACH1-HMOX1 Regulatory Axis Is Indispensable for Proper Macrophage Subtype Specification and Skeletal Muscle Regeneration.  
Patsalos A, Tzerpos P, Halasz L, Nagy G, Pap A, Giannakis N, Lyroni K, Koliaraki V, Pintye E, Dezso B, Kollias G, Spilianakis CG, Nagy L.
J Immunol. 2019; 203(6):1532-1547. doi: https://doi.org/10.4049/jimmunol.1900553

Long non-coding RNA SeT and miR-155 regulate the Tnfα gene allelic expression profile.
Stathopoulou C, Kapsetaki M, Stratigi K, Spilianakis C.
PLoS One 2017; 14;12(9):e0184788. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0184788
 
Coordinated Regulation of miR-155 and miR-146a Genes during Induction of Endotoxin Tolerance in Macrophages.  
Doxaki C., Kampranis S.C., Eliopoulos A.G., Spilianakis C., Tsatsanis C.
J Immunol. 2015; 195(12):5750-5761. doi: https://doi.org/10.4049/jimmunol.1500615

Spatial proximity of homologous alleles and long noncoding RNAs regulate a switch in allelic gene expression.  
Stratigi K., Kapsetaki M., Aivaliotis M., Town T., Flavell RA., Spilianakis CG.
Proc Natl Acad Sci USA 2015; 112(13):E1577-1586 doi: https://doi.org/10.1073/pnas.1502182112

Myosin VI regulates gene pairing and transcriptional pause release in T cells.  
Zorca CE, Kim LK, Kim YJ, Krause MR, Zenklusen D, Spilianakis CG, Flavell RA.
Proc Natl Acad Sci USA 2015; 112(13):E1587-1593 doi: https://doi.org/10.1073/pnas.1502461112

Hypersensitive site 6 of the TH2 locus control region is essential for TH2 cytokine expression.  
Williams A., Lee G.R., Spilianakis C.G., Hwang S.S., Eisenbarth S.C., Flavell R.A.
Proc Natl Acad Sci USA 2013; 110(17): 6955-6960 doi:  https://doi.org/10.1073/pnas.1304720110

Long-range genomic interactions epigenetically regulate the expression of a cytokine receptor.  
Deligianni C., Spilianakis C.G.
EMBO Rep. 2012; 13: 819-826 doi: https://doi.org/10.1038/embor.2012.112