imbb mobile logo
 
Γιώργος Γκουρίδης

Γιώργος Γκουρίδης

Ερευνητής ΙΜΒΒ
Ηλ. Ταχυδρομείο
Αυτή η διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου προστατεύεται από τους αυτοματισμούς αποστολέων ανεπιθύμητων μηνυμάτων. Χρειάζεται να ενεργοποιήσετε τη JavaScript για να μπορέσετε να τη δείτε.
Τηλέφωνο
+30-2810-39-1056
Fax
-
Ιστοσελίδα Εργαστηρίου
 

Η έρευνά μας επικεντρώνεται στην κατανόηση της συσχέτισης μεταξύ δομής-λειτουργίας των βιομορίων. Για να το επιτύχουμε, αποκρυπτογραφoύμε σε μοριακό επίπεδο τη δομική δυναμική τους.
Οι δομικές δυναμικές πρωτεϊνών εκδηλώνονται διαρκώς σε κάθε έμβιο κύτταρο επιτρέποντάς στις πρωτεΐνες να επιτελούν τους ρόλους τους. Ρυθμίζονται και ενορχηστρώνονται με την μέγιστη ακρίβεια από τις αλληλεπιδράσεις των πρωτεϊνών με τους παρτενέρ και τα αντίστοιχα υποστρώματά τους. Τροποποιήσεις στις δομικές δυναμικές πρωτεϊνών οδηγούν σε κυτταρική δυσλειτουργία, ασθένειες και θάνατο. Για τον λόγο αυτό, η εξακρίβωσή αυτών των τροποποιήσεων μας οδηγεί στην κατανόηση της μοριακής αιτιολογίας των ανθρώπινων ασθενειών.
Οι δομικές δυναμικές, πέραν από το να διασαφηνίζουν τον τρόπο λειτουργίας των πρωτεϊνών, καθορίζουν συνάμα τον τρόπο με τον οποίο αυτές εξελίσσονται ώστε να επιτελέσουν διακριτές λειτουργίες.
Ο στόχος της ομάδας μας που είναι η κατανόηση της ζωής και της εξέλιξης σε μοριακό επίπεδο, βασίζεται στην μελέτη της αναδίπλωσης πρωτεϊνών, των μηχανισμών δέσμευσης και δομικών δυναμικών τους. Το μοντέλο της ενεργειακής χοάνης αναδίπλωσης που πηγάζει από την θεωρία του ελεύθερου ενεργειακού πεδίου είναι ευρέως αποδεκτό, περιγράφοντας και τις 3 βιολογικές διεργασίες, μιας και η μόνη διαφορά τους έγκειται στην συνδεσιμότητα της πολυπεπτιδικής αλυσίδας. Η αναζήτηση του «ιερού δισκοπότηρου» του εργαστηρίου μας περικλείει: (i) Την εύρεση των καίριων δομικών στοιχείων και κατανόηση του τρόπου με τον οποίον αυτά διαμορφώνουν το βάθος των ενεργειακών κοιλάδων, (ii) Την κατανόηση του τρόπου με τον οποίο τα στοιχεία αυτά ρυθμίζουν τους παράγοντες ενθαλπίας-εντροπίας ώστε να υπερβαίνονται τα μεταβατικά όρια και τέλος (iii) Την εξακρίβωση των μεταβολών που υπόκεινται τα στοιχεία αυτά κατά την εξέλιξη ώστε να διαφοροποιούν την λειτουργία των πρωτεϊνών και την εξειδίκευση στα υποστρώματά τους.

Για την επίτευξη των παραπάνω, συνδυάζουμε «παραδοσιακά» εργαλεία μοριακής βιολογίας και βιοχημείας με μία σειρά ισχυρών (βιο)φυσικών προσεγγίσεων (π.χ. smFRET, HDX-MS, ITC) και συσχετίζουμε τα πειραματικά αποτελέσματα με μοριακές δυναμικές προσομοιώσεις (π.χ. Gromacs).

Gouridis G, Muthahari YA, de Boer M, Griffith DA, Tsirigotaki A, Tassis K, Zijlstra N, Xu R, Eleftheriadis N, Sugijo Y, Zacharias M, Dömling A, Karamanou S, Pozidis C, Economou A, Cordes T. (2021) Structural dynamics in the evolution of a bilobed protein scaffold. Proc Natl Acad Sci U S A. 118:e2026165118. 

Gouridis G, Hetzert B, Kiosze-Becker K, de Boer M, Heinemann H, Nürenberg-Goloub E, Cordes T, Tampé R. (2019) ABCE1 Controls Ribosome Recycling by an Asymmetric Dynamic Conformational Equilibrium. Cell Rep. 28:723-734.

Gouridis G, Schuurman-Wolters GK, Ploetz E, Husada F, Vietrov R, de Boer M, Cordes T, Poolman B.(2015) Conformational dynamics in substrate-binding domains influences transport in the ABC importer GlnPQ. Nat Struct Mol Biol. 22:57-64.

Gouridis G, Karamanou S, Sardis MF, Schärer MA, Capitani G, Economou A. (2013) Quaternary dynamics of the SecA motor drive translocase catalysis. Mol Cell. 52:655-666.

Gouridis G, Karamanou S, Gelis I, Kalodimos CG, Economou A. (2009) Signal peptides are allosteric activators of the protein translocase. Νature 462:363-367.

2022
Krishnamurthy, S., Sardis, M.F., Eleftheriadis, N., Chatzi, K., Smit, J.H., Karathanou, K., Gouridis, G., Portaliou, A., Bondar, A.N., Karamanou S., Economou, A. Preproteins couple the intrinsic dynamics of SecA to its ATPase cycle to translocate via a catch and release mechanism
(submitted, biorxiv, doi: 10.1101/2021.08.31.458331)

Muthahari, Y., Tsirigotaki, A., Krishnamurthy, S., Hertadi, R., Pozidis, C., and Gouridis, G. The evolution of allosteric networks revealed by an integrative analysis on an ancestral bilobed protein scaffold
(submitted)

Vougioukalaki, M., Xu, R., Konstantinidou, M., Eleftheriadis, N., Dömling, A., and Gouridis, G. Global Ras structural analysis and its direct pharmacological targeting
(submitted)

2021
Gouridis, G., Muthahari, Y., de Boer, M., Griffith, D.A., Tsirigotaki, A., Tassis, K., Zijlstra, N., Xu, R., Eleftheriadis, N., Sugijo, Y., Zacharias, M., Dömling, A., Karamanou, S., Charalambos, P., Economou, A., and Cordes T. Structural dynamics in the evolution of a bilobed protein scaffold
PNAS 118(49):e2026165118

Ploetz, E., Schuurman-Wolters, G.K., Zijlstra, N., Jager, A.W., Griffith, D.A., Guskov, A., Gouridis, G., Poolman, B., and Cordes, T. (2021). Structural and biophysical characterization of the tandem substrate binding domains of the ABC importer GlnPQ
Open biology 11: 200406

Krishnamurthy, S., Eleftheriadis, N., Karathanou, K., Smit, J.H., Portaliou, A., Chatzi, K., Sardis, M.F., Karamanou S., Bondar, A.N., Gouridis, G., and Economou, A. (2021). A nexus of intrinsic dynamics underlies translocase priming
Structure 29:846-858

Tassis, K., Vietrov, R., de Koning, M., de Boer, M., Gouridis, G., and Cordes, T. (2021). Single-molecule studies on conformational states and dynamics in the ABC importer OpuA.
FEBS Lett 595: 717-734

2020
Zernia, S., van der Helde, N., Galenkamp, N.S., Gouridis, G., and Maglia, G. Interpretation of the current blockades of proteins inside nanopores for real-time metabolome analysis
ACS Nano 14: 2296-2307

2019
de Boer, M., Gouridis, G., Muthahari, Y., and Cordes T. Single-Molecule observation of ligand-binding and protein conformation in FeuA
Biophysical journal 119: 1642-1654

Gouridis, G, Hetzert, B., Kiosze-Becker, K, de Boer, M., Heinemann, H., Nürenberg-Goloub, E., Cordes, T., and Tampe, R. ABCE1 controls ribosome recycling by an asymmetric dynamic conformational equilibrium
Cell reports 28:723-734

de Boer, M., Gouridis, G., Vietrov, R.,  Husada, F., Begg, S.L., Schuurman-Wolters, G.K., Husada, F., Eleftheriadis N., Poolman, B., McDevitt, C., and Cordes T. Conformational and dynamics plasticity in substrate-binding proteins underlies selective transport in ABC importers
eLife 8:pii: 44652

2018
Hellenkamp, B., Schmid, S., (12 authors)., Gouridis, G., (40 authors)., and Hugel, T. Precision and accuracy of single-molecule FRET measurements – a worldwide benchmark study
Nature methods 15: 669-676

2017
Sardis, M.F., Tsirigotaki, A., Chatzi, E.K., Portaliou, G.A., Gouridis, G., Karamanou, S., and Economou, A. Preprotein conformational dynamics drive bivalent translocase docking and secretion
Structure 25: 1056-67
See comment in faculty of 1000 by Karin Roemisch

2016
van der Velde, J.H., Oelerich, J., Huang, J., Smit, J.H., Aminian Jazi, A., Galiani, S., Kolmakov, K., Gouridis, G., Eggeling, C., Herrmann, A., Roelfes, G. and Cordes, T. A simple and versatile design concept for fluorophore derivatives with intramolecular photostabilization.
Nature Communications 7: 10144

2015
Husada, F., Gouridis, G., Vietrov, R., Schuurman-Wolters, G.K., Ploetz, E., de Boer, M., Poolman, B. and Cordes, T. Watching conformational dynamics of ABC transporters with single-molecule tools.
Biochemical Society Transactions 43: 1041-7

Gouridis, G., Schuurman-Wolters, G.K., Ploetz, E., Husada, F., Vietrov, R., de Boer, M., Cordes, T. and Poolman, B. Conformational dynamics in substrate-binding domains influences transport in the ABC importer GlnPQ.
Nature Structural & Molecular Biology 22: 57-64

2013
Gouridis, G., Karamanou, S., Sardis, M.F., Schärer, M.A., Capitani, G. and Economou, A. Quaternary dynamics of the SecA motor drive translocase catalysis.
Molecular Cell. 52: 655-66

2010
Gouridis, G., Karamanou, S., Koukaki, M. and Economou, A. In vitro assays to analyze translocation of the model secretory preprotein alkaline phosphatase.
Methods in Molecular Biology 619, 157-72

2009
Gouridis, G., Karamanou, S., Gelis, I., Kalodimos, C.G., and Economou, A. (2009) Signal peptides are allosteric activators of the protein translocase.
Νature 462, 363-36

2007
Gelis, I., Bonvin, A.M.J.J., Keramisanou, D., Koukaki, M., Gouridis, G., Karamanou, S., Economou, A. and Kalodimos, C.G. (2007) Structural Basis for Signal-Sequence Recognition by the Translocase Motor SecA as Determined by NMR
Cell 131, 756-769
See comment from Faculty of 1000; see presentation by Thireos et al., 2008

Karamanou, S., Gouridis, G., Papanikou, E., Sianidis, G., Gelis, I., Keramisanou, D., Vrontou, E., Kalodimos, C.G., and Economou, A. (2007) Preprotein-controlled catalysis in the helicase motor of SecA.
EMBO Journal 26, 2904-2911
See comment from Faculty of 1000; see article in LabTimes

2005
Karamanou, S., Sianidis, G., Gouridis, G., Pozidis C., Papanikolau, Y., Papanikou, E., and Economou, A. (2005) E. coli SecA truncated at its termini is functional and dimeric.
FEBS Letters 579, 1267-1271