Ευγενία Ντίνη
Ξεκίνησα το εργαστήριό μου στο ΙΜΒΒ τον Σεπτέμβριο 2021, με ερευνητικούς στόχους στη βιολογία RNA και τη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης.
Η έρευνα μας στοχεύει στο να κατανοήσουμε τους διακριτούς μοριακούς μηχανισμούς συν-μεταγραφικής επεξεργασίας και ωρίμανσης των μη-κωδικών RNA (lncRNAs), με ιδιαίτερο ενδιαφέρον στα lncRNAs που μεταγράφονται από περιοχές ενισχυτών της γονιδιακής έκφρασης (enhancers). Συγκεκριμένος στόχος είναι η μελέτη και ο χαρακτηρισμός των λειτουργικών ρόλων και της εμπλοκής των lncRNAs στην οργάνωση της χρωματίνης σε μοριακό και μηχανιστικό επίπεδο, καθώς και να κατανοήσουμε τους μοριακούς μηχανισμούς και τις συγκεκριμένες λειτουργίες τους στη ρύθμιση της εγγύς γονιδιακής έκφρασης (in cis). Σ’ αυτήν την κατεύθυνση εστιάζουμε στο να χαρακτηρίσουμε τις λειτουργικές αλληλεπιδράσεις με ρυθμιστικές πρωτείνες στις οποίες εμπλέκονται συγκεκριμένα τα lncRNAs, και πώς αυτές αλλάζουν κατά τη διάρκεια διαδικασιών όπως είναι η κυτταρική διαφοροποίηση.
Επιπλέον, η έρευνά μας στοχεύει στον χαρακτηρισμό των μοριακών μηχανισμών και νέων λειτουργικών ρόλων που μεσολαβούνται από τις συν-μεταγραφικές τροποποιήσεις των μορίων RNA, όπως είναι η Ν6-μέθυλ-αδενοσίνη (m6A), στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. Σ’ αυτήν την κατεύθυνση, συγκεκριμένο στόχο αποτελεί ο χαρακτηρισμός των m6A μοριακών μηχανισμών που αλληλεπιδρούν με βασικούς μοριακούς μηχανισμούς ρύθμισης της μεταγραφής από DNA σε RNA από την RNA πολυμεράση ΙΙ. Στην έρευνά μας, συνδυάζουμε τη βιοπληροφορική ανάλυση δεδομένων μεγάλου όγκου και υπολογιστικά μοντέλα με πειραματικές βιοχημικές και μοριακές μεθόδους για τη μελέτη των μοριακών μηχανισμών ρύθμισης σε κύτταρα θηλαστικών και συστήματα κυτταρικής διαφοροποίησης.
Ntini E, Budach S, Ørom UAV, Marsico A. (2020) Predictive modeling of lncRNA chromatin (dis-) association. bioRxiv 2020.12.15.422063.
Ntini E, Marsico A. (2019) Functional impacts of non-coding RNA processing on enhancer activity and target gene expression. J Mol Cell Biol. 11:868-879.
Ntini E, Louloupi A, Liz J, Muino JM, Marsico A, Ørom UAV. (2018) Long ncRNA A-ROD activates its target gene DKK1 at its release from chromatin. Nat Commun. 9:1636.
Louloupi A, Ntini E, Conrad T, Ørom UAV. (2018) Transient N-6-Methyladenosine Transcriptome Sequencing Reveals a Regulatory Role of m6A in Splicing Efficiency. Cell Rep. 23:3429-3437.
Ntini E, Järvelin AI, Bornholdt J, Chen Y, Boyd M, Jørgensen M, Andersson R, Hoof I, Schein A, Andersen PR, Andersen PK, Preker P, Valen E, Zhao X, Pelechano V, Steinmetz LM, Sandelin A, Jensen TH. (2013) Polyadenylation site-induced decay of upstream transcripts enforces promoter directionality. Nat Struct Mol Biol. 20:923-928.