Γλωσσάριο

Δείτε την αγγλική έκδοση

2-D gel electrophoresis
Ηλεκτροφόρηση δύο διαστάσεων. Χρησιμοποιείται για το διαχωρισμό πρωτεϊνών σε πηκτή με βάση συνήθως το ισοηλεκτρικό τους σημείο σε πρώτη διάσταση και ακολουθεί ο διαχωρισμός τους με βάση το μοριακό βάρος των πρωτεϊνών σε πηκτή SDS-πολυακρυλαμίδης. Και άλλες ιδιότητες των πρωτεϊνών μπορεί να χρησιμοποιηθούν για το διαχωρισμό τους σε δύο διαστάσεις.
2D-LC
Υγρή χρωματογραφία δύο διαστάσεων. Μια πρώιμη τεχνική διαχωρισμού που δημιουργεί κλάσματα πολυπεπτιδίων η πεπτιδίων στην πρώτη διάσταση (π.χ. ιοντοανταλλαγής) τα οποία στη συνέχεια κλασματοποιούνται το καθένα σε μια δεύτερη στήλη χρησιμοποιώντας μια δεύτερη φυσικοχημική ιδιότητα (π.χ. υδροφοβικότητα) ιδιότητα τεχνική ορθογώνιας χρωματογραφίας.
Affinity chromatography
Επιλεκτικός διαχωρισμός πρωτεϊνών που βασίζεται στη συνάφειά τους για ένα συγκεκριμένο προσδέτη που συνήθως ακινητοποείται σε κατάλληλη επιφάνεια.
Blue Native gel electrophoresis
Μια τεχνική ηλεκτροφόρησης "μετατόπισης φορτίου" υδατοδιαλυτών ή μεμβρανικών πρωτεϊνικών συμπλόκων χρησιμοποιώντας την αρνητικά φορτισμένη χρωστική Coomassie Blue που προσδένεται αντιστρεπτά στα πολυπεπτίδια για να επιτρέψει την ηλεκτροφορητική κινητικότητα. Χρήσιμο για την απομόνωση ολιγομερικών συμπλόκων πρωτεϊνών σε εγγενή, μη αποδιαταγμένη κατάσταση.
Bottom-up (proteomics)
Μέθοδος για την ταυτοποίηση πρωτεϊνών και το χαρακτηρισμό της αμινοξικής τους αλληλουχίας και των μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεών τους. Οι απομονωμένες πρωτεΐνες ή τα μίγματα πρωτεωμάτων πρώτα πέπτονται πλήρως σε πεπτίδια μετά από πρωτεόλυση και στη συνέχεια τα πεπτίδια αναλύονται με φασματοσκοπία μάζας πολλών διαστάσεων (MS n ). Η ταυτότητα των πεπτίδίων εξακριβώνεται μετά από ανίχνευση κατάλληλης βάσης δεδομένων.
Capillary electrophoresis (CE)
Ηλεκτροφόρηση υγρής φάσης ή βασιζόμενη σε πηκτή που πραγματοποιείται σε γυάλινα μικρο-τριχοειδή και οδηγεί στο γραμμικό διαχωρισμό πρωτεϊνών.
CAD
Διάσπαση που ενεργοποιείται μετά από σύγκρουση.
CID
Διάσπαση που επάγεται μετά από σύγκρουση.
DIGE
Διαφορική ηλεκτροφόρηση σε πηκτή: διαχωρισμός δύο διαστάσεων πρωτεϊνικών δειγμάτων σημασμένων με διαφορετικές φθορίζουσες χρωστικές (GE healthcare) που εκπέμπουν σε διακριτά μήκη κύματος. Τεχνική που μπορεί να ποσοτικοποιήση πολυπεπτίδια μετά από ηλεκτροφόριση 2 διαστάσεων (δες 2-D gel electrophoresis)
Edman degradation
Χημική μέθοδος προσδιορισμού της αμινοξικής αλληλουχίας μιας πρωτεΐνης ξεκινώντας από το αμινοτελικό της άκρο.
ESI
Electrospray Ionization. Ηλεκτροψεκασμός ιονισμού.
FTICR
Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry, μια τεχνική φασματομετρίας μάζας υψηλής ανάλυσης και διακριτικής ικανότητας.
HPLC
High-performance liquid chromatography; Μια τεχνική για το διαχωρισμό πρωτεϊνών και άλλων μορίων.
ICAT
Isotope coded affinity tags; Τεχνική πρωτεινωματικής βασιζόμενη στη χρήση ισοτόπων για τη σήμανση δύο πληθυσμών πρωτεϊνών. Αλληλεπιδρά με κυστεινικά κατάλοιπα.
In-gel digestion
Πέψη πρωτεϊνών με πρωτεάσες σε κομμάτια πηκτής πολυακρυλαμίδης.
Ion Trap
Τα είδη ιόντων περιορίζονται χρησιμοποιώντας διπλά παραβολικά δυναμικά παγίδευσης για να διαχωρίσουν ιόντα με βάση τη μάζα πριν τον εντοπισμό τους.
Ion- exchange (Ιοντοανταλλαγή)
Μια τεχνική χρωματογραφίας στην οποία τα αναλυόμενα υλικά προσδένονται σε μια φορτισμένη στήλη και εκλούονται διαφορικά αυξάνοντας το ιοντικό δυναμικό του μέσου έκλουσης.
Isoelectric point (Ισοηλεκτρικό σημείο)
To pH στο οποίο ένα αμφοτερικό μόριο έχει συνολικό φορτίο που ισούται με μηδέν.
Isolectric focusing
Ηλεκτροφορητική εστίαση πρωτεϊνών σε διαβάθμιση pH.
LC/MS
Υγρή χρωματογραφία συζευγμένη με Φασματομετρία μάζας
iTRAQ
Isobaric Tag for Relative and Absolute Quantitation analysis. Πρόσδεση ισοτόπων για σχετική και απόλυτη ποσοτική ανάλυση πεπτιδίων.
MALDI
Matrix assisted laser-desorption ionization; Κοινή μορφή ήπιου ιονισμού για πρωτεΐνες και πεπτίδια.
MALDI imaging
Μια τεχνική απεικόνισης φασματομετρίας μάζας στην οποία το δείγμα, συχνά μια λεπτή τομή ιστού, κινείται σε δυο διαστάσεις ενώ το φάσμα μάζας καταγράφεται
Matrix
Ένα οργανικό μόριο που χρησιμοποιείται για την συγκρυστάλλωση με το δείγμα (π.χ. πολυπεπτίδιο) που απορροφά ενέργεια από ένα λέιζερ και επιτρέπει στο δείγμα να ιονίζεται στο MALDI
MDLC
Multi Dimensional Liquid Chromatography. Υγρή χρωματογραφία πολλαπλών διαστάσεων (δες 2D-LC) .
MRM
Multiple-reaction monitoring είναι μια ισχυρή μέθοδος για την ποσοτικοποίηση συγκεκριμένων πεπτιδίων με φασματομετρία μάζας. Η τεχνική περιλαμβάνει την επιλεκτική ανάλυση με φασματομετρία μάζας ιόντων πεπτιδίων και ιόντων διασπασμένων προϊόντων από τις υπό μελέτη πρωτεΐνες.
MS/MS
Tandem Mass Spectrometry; Ένα επιλεγμένο πρόδρομο ιόν μπορεί να διασπαστεί με ενεργοποίηση από πρόσκρουση και να αναλυθεί η μάζα των παραγώγων του.
nanoESΙ
Nano-electrospray; Μια εκδοχή σε μικρή κλίμακα του ESI που επιτρέπει αυξημένη ευαισθησία.
Interaction proteomics (πρωτεινωματική αλληλεπιδράσεων)
Ευρείας κλίμακας πρωτεωνωματική ανάλυση αλληλεπιδράσεων ανάμεσα σε συγκεκριμένες πρωτεΐνες και πρωτεϊνικά σύμπλοκα.
pI
Το συνολικό φορτίο μιας πρωτεΐνης σε υδατικό διάλυμα.
PMF
Peptide Mass Fingerprinting; Δημιουργία ενός αποτυπώματος ή ενός συνόλου από χαρακτηριστικές κορυφές πεπτιδίων αναλύοντας τη μάζα πρωτεολυμένων τμημάτων.
ppm
Parts per million ("ppm") δηλώνει ένα σωμάτιο μιας ουσίας για κάθε 999,999 άλλα σωμάτια. Γενικά χρησιμοποιείται για να μετρήσει και να δηλώσει τη συγκέντρωση ενός χημικού σε πολύ μικρή ποσότητα.
Χαρτογράφηση Πρωτεΐνης
Χαρακτηρισμός πρωτεϊνών ανάλογα με τη μάζα και το ισοηλεκτρικό τους φορτίο. Αυτός ο όρος μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για να υποδηλώσει την τοπολογία μιας πρωτεΐνης σε ένα γονίδιο.
Πρωτείνωμα
Το σύνολο των πρωτεϊνών ενός γονιδιώματος. Το σύνολο των πρωτεϊνών που εκφράζονται από ένα κύτταρο, ένα ιστό ή ένα οργανισμό.
Πρωτεινωματική
Η μελέτη της δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών σε ένα κύτταρο.
PSD
Post Source Decay, μια λειτουργία φασματομετρίας μάζας στο MALDI όπου ιόντα τμημάτων μπορούν να εντοπιστούν και η μάζα τους να χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση προσδιορισμού αλληλουχίας.
PTM
Post-translational Modification; Μετα-μεταφραστική τροποποίηση. Αλλαγή της χημικής φύσης μιας πρωτεΐνης μετά τη μετάφραση από ομοιοπολική προσθήκη άλλων μορίων (π.χ. μεθυλομάδων), πρωτεολυτική πέψη κ.α.
QQQ
Triple quadrupole. Τριπλό τετράπολο.
Q-TOF
Quadrupole-Time of Flight. Αναλυτής μάζων που συνδυάζει την ικανότητα χειρισμού ενός ιόντος από τετράπολη συσκευή με δυνατότητα ανάλυσης ενός αναλυτή TOF.
Reflectron Mode
Μια λειτουργία στο MALDI όπου ιόντα ανακλώνται πίσω στο σωλήνα πτήσης οδηγώντας σε μεγαλύτερη ακρίβεια προσδιορισμού μάζας
Reverse-Phase
Μια χρωματογραφική τεχνική στην οποία τα αναλυόμενα σωμάτια προσδένονται μη ειδικά δια μέσω υδροφοβικών αλληλεπιδράσεων σε υλικά όπως το C18 και εκλούονται διαφορικά αυξάνοντας τη συγκέντρωση ενός μη πολικού διαλύτη όπως το ακετονιτρίλιο.
SELDI
Surface-Enhanced Laser Desorption and Ionization. Μια μέθοδος πρόσδεσης και εμπλουτισμού πρωτεΐνης σε μια χημική ή βιοσυγγενή επιφάνεια στερεούς φάσεως που συχνά ακολουθείται από επιλεκτικά στάδια πλύσεως και ακολουθεί έκλουση με λέιζερ, των πρωτεϊνών σε έναν ανιχνευτή που συχνά είναι ένα TOF φασματοφωτόμετρο μάζας. Όλη η μέθοδος συχνά αναφέρεται σαν SELDI-TOF MS.
Sequence Tagging
Εξαγωγή de novo πληροφορίας για μια αλληλουχία από απομονωμένα πρόδρομα ιόντα
SILAC
Stable isotope labeling with amino acids in cell culture. Προσέγγιση για την in vivo ενσωμάτωση σήματος σε πρωτεΐνες για ποσοτική πρωτεωμική με τη χρήση φασματομετρίας μάζας. Το SILAC στηρίζεται στη μεταβολική ενσωμάτωση μιας συγκεκριμένης "ελαφριάς" ή "βαρέας" μορφής ενός αμινοξέως στην πρωτεΐνη. Η μέθοδος έγκειται στην ενσωμάτωση αμινοξέων με υποκατεστημένους σταθερούς ισοτοπικούς πυρήνες (π.χ. δευτέριο, 13 C, 15 Ν). Έτσι σε ένα πείραμα, δύο κυτταρικοί πληθυσμοί μεγαλώνουν σε θρεπτικά μέσα που είναι πανομοιότυπα και το ένα περιέχει μια "ελαφριά" και το άλλο μια "βαριά" μορφή ενός συγκεκριμένου αμινοξέως (π.χ. 12 C και 13 C σημασμένη L-λυσίνη, αντίστοιχα). Όταν το σημασμένο ανάλογο ενός αμινοξέως παρέχεται στα κύτταρα στην καλλιέργεια αντί για το εγγενές αμινοξύ, αυτό ενσωματώνεται σε όλες τις νεοσυντιθέμενες πρωτεΐνες. Μετά από ένα αριθμό κυτταρικών διαιρέσεων, αυτό το συγκεκριμένο αμινοξύ θα αντικατασταθεί απόλυτα από το ισοτοπικά σημασμένο αμινοξύ. Δεν υπάρχει σχεδόν καμία χημική διαφορά ανάμεσα στο εγγενές και το ισοτοπικά σημασμένο αμινοξύ. Η ενσωμάτωση του ισότοπου είναι 100%.
Size-Exclusion Chromatography
Μια χρωματογραφική τεχνική, αναλυτική ή παρασκευαστική, που διαχωρίζει πρωτεΐνες ή πεπτίδια ανάλογα με την υδροδυναμική τους διάμετρο με δυναμικό αποκλεισμό.
Soft-ionization
Ιονισμός που δεν διασπά ένα μόριο ή αλλάζει την ομοιοπολική του δομή
Sypro Ruby
Μη καταστροφική φθορίζουσα χρώση πρωτεϊνών μετά από ηλετροφόρηση σε πηκτή (ευαισθησία 1-2ng)
Top-down (πρωτεινωματική)
Μέθοδος για τον εντοπισμό και χαρακτηρισμό ολόκληρων πρωτεϊνών χωρίς να προηγείται πρωτεολυτική πέψη. Χρησιμοποιεί παγίδευση ιόντων για την αποθήκευση ενός ιόντος απομονωμένης άθικτης πρωτεΐνης για μέτρηση μάζας που μπορεί να ακολουθηθεί από διάσπαση της πρωτεΐνης μέσα στο φασματογράφο και ανάλυση των παραγόμενων θραυσμάτων με παράλληλη φασματομετρία μάζας.
TOF (Time-of-flight)
Μέθοδος διαχωρισμού στη φασματομετρία μάζας που βασίζεται στη συσχέτιση της μάζας ενός μορίου με το χρόνο "πτήσης" του που συχνά χρησιμοποιείται με MALDI ή ESI ιονισμό
Western blotting
Ανοσοεντοπισμός πρωτεϊνών σταθεροποιημένων σε μια σταθερή επιφάνεια.